O HD ao ser formatado pelo DOS, Windows ou Linux faz esta tarefa de acordo com os dados que a BIOS fornece sobre o hd para o sistema operacional. A formatação na verdade é lógica, não física. O sistema marca as "estacas" no disco, como setor de boot e o resto do sistema. Após isso, o HD é verificado contra erros, os bits são zerados e se tudo estiver OK, o sistema operacional grava um checksum na trilha zero(sistema) do HD. Essa operação de formatação lógica ocorre como qualquer boot , como qualquer exclusão ou instalação de arquivo. Não há qualquer alteração na formatação física do HD, operação que atualmente só é possível na fábrica, pois os "utilitários de formatação física" disponibilizados à todos os usuários pelos fabricantes apenas fazem uma formatação lógica avançada, zera todos os bits e checa bit a bit todos os setores, e os defeituosos são marcados na VERDADEIRA trilha zero, a que contém os dados FÍSICOS, como a geometria da mídia, bits com erros, etc. Estes setores não deverão mais ser enxergados pelo sistema operacional nem pelos utilitários como scandisk e outros para checagem do HD. Se o erro no HD foi ocasionado por um pequeno defeito na mídia, o HD não apresentará novos setores defeituosos e funcionará por muito tempo, porém se for um problema mecânico, como por exemplo as cabeças encostarem no disco e arranhá-lo, este hd não terá mais conserto.
Portanto, a formatação que o sistema operacional executa não é prejudicial ao HD e só a formatação física ou defeitos internos podem destruir o HD.
Nos velhos tempos de XT, com os HDs MFM, antes de usá-los era necessária a formatação física, por um utilitário presente em um disquete ou pela BIOS dos 286 ou 386. As mídias já tinham naturais defeitos de fabricação, que o utilitário de formatação física detectava e alocava a posição desses setores na trilha zero. Alguns programas inclusive permitiam imprimir o cilindro, setor do bloco defeituoso do HD e isso era impresso numa etiqueta e colado no HD. E os setores do HD eram REALMENTE reorganizados e após tudo OK o HD podia receber a formatação do sistema. Os HDs IDE da época também podiam ser formatados físicamente, até que lançaram o padrão LBA e fazer esta operação destruía o HD, pois os utilitários de formatação física não eram precisos para formatar corretamente as minúsculas trilhas dos HDs mais modernos.
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